ale też w swoim stylu na samym końcu Kojima wywrócił całą fabułę do góry nogami i ostatecznie wszystko wyjaśniło się w 30 minutowym epilogu (już o tym, że ni z tego ni z owego nagle pojawia się BB, by wyłozyć całą fabułę na tacy, po czym umrzeć, nie wspomnę)
.
Do tego dochodzi niedopracowana bądź po prostu zła kreacja postaci: Vamp jest jeszcze bardziej płaski niż był w MGS2 - tam przynajmniej miał jakiś cel, a dodatkowo wampirza postać dodawała mu smaku; tutaj jest zwykły badguy'em, który współpracuje z człowiekiem odpowiedzialnym za upadek jego oddziału i śmierć obu kochanków (Fortune i jej ojciec), no i okazuje się, że cała wampirzość to tylko działanie nanomaszyn. Johny ze srającego idioty w pierwszych rozdziałach (oraz w MGS1 i MGS2) nagle zmienia się w Księcia z Bajki, będącego super komandosem, w ostatnim rozdziale. Raiden w epilogu nagle okazuje się być cały i zdrowy, pomimo, iż wcześniej był cyborgiem (składał się z głowy i kręgosłupa, a cała reszta to było ciało mechaniczne), stracił oba ramiona i był w cholernie ciężkim stanie; no i znowu jest to "ej, spróbujmy od teraz żyć normalnie", tak jakby już wcześniej z Rose tego nie przechodził w MGS2 (z tym, że tam to był jeden z głównych wątków, tutaj - tylko jeden z wątków pobocznych).
